UNIXにおいてOSの中核となるプログラムをカーネルといいます。カーネルはUNIXの制御プログラム部分であり、これがないとUNIXは動きません。
シェルというのはユーザのインターフェース部分であり、コマンドで操作していく操作性がシェルによって違っています。UNIXにはbシェル系やcシェル系と呼ばれるシェルが複数用意されており、自分で操作性がよいシェルというものを選ぶことができます。
UNIXはWindowsと違い、自分でいろいろなプログラムを組み合わせてOSを自分仕様につくりかえることができるのです。